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通關後開始就會有劇情，學校決定舉辦“校內最強大賽”，需要主角的説明去每一個道館重新挑戰一圈，這一次館主們都得到了強化，平均為65級使用的寶可夢的屬性沒有變化，主角要一個一個道館挑戰，沒有順序按個人喜好挑戰就可以。

當全部8個道館挑戰完後也慈會來電話，前往桌台市學校的教學樓前台大廳，與也慈對話劇情後得到王者之證。

調查床休息，第二天剛要出門妮莫來了，對話後前往前台大廳與前台左邊的妮莫對話，之後再和前台對話就可以參加“校內最強大賽”了。